痛みに対してはまず、鎮痛剤を使用します。効果が得られない時はホルモン量の少ないピル（低用量エストロゲン・プロゲスチン配合薬／低容量ピル）を用います。ここまでで有効性が確認できない時は、次のようなホルモン剤による治療を選択します。具体的には黄体ホルモン剤や視床下部ホルモンであるGnRHアゴニストなどが用いられ、女性ホルモンの分泌を抑えたり直接病巣に作用させたりして症状を緩和させます。
卵巣の内膜症性のう胞（チョコレートのう胞）などの病巣部がはっきりしている場合は、手術を考慮します。妊娠を望んでいる場合は、病巣部のみを切除して子宮や卵巣の正常部分を残す手術を選択します。妊娠を望まない場合には、病巣のみの摘出に加えて、子宮、卵巣および卵管などを摘出する手術が行われます。